Balkan ve Karadeniz Araştırmaları Merkezi'nin kuruluş çalışmaları Mehmet Hacısalihoğlu'nun inisiyatifinde Gencer Özcan'ın desteğiyle başlatılmıştır. Uzun bir hazırlık sürecinden sonra Merkezin kuruluşuna katılan öğretim üyelerinin de desteğiyle 2009 yılında kuruluş başvurusu yapılmıştır. Merkezin kuruluşu Yıldız Teknik Üniversitesi Senatosu ve YÖK tarafından onaylandıktan sonra, 4 Mart 2010 tarihinde yönetmeliğinin Resmi Gazete'de yayınlanmasıyla tamamlanmıştır.  

Merkezin kurulmasına katılan öğretim üyeleri: Balkanlar ve Rusya üzerine önemli çalışmalar yapmış, çoğunlukla bölge dillerine de hakim ve bölge ülkeleriyle yakın akademik ilişkileri bulunan uzmanlardan oluşmaktadır. Bu öğretim üyeleri, merkezin faaliyet alanı olarak belirtilen konularda araştırma yapma ve çalışmaları yönetme konusunda geniş birikim ve deneyime sahiptir:

Doç. Dr. Mehmet HACISALİHOĞLU yüksek lisans ve doktora öğrenimini Almanya/Münih’te Balkan ve Doğu Avrupa Tarihi alanında yapmıştır. Türkiye’de Balkan araştırmacılığının önemli temsilcilerinden bir olup, Osmanlı dönemi Balkan tarihi, Makedonya Sorunu, Bulgaristan’da Göç ve Yerleşim Yerleri, Türkiye’de Balkan tarihi çalışmaları, Balkanlarda Osmanlı/Türk imajı, Kosova sorunu gibi farklı konularda çok sayıda kitap ve makale yayınlamıştır. Balkanlar hakkında düzenlenen uluslararası toplantılara düzenli olarak katılmakta ve araştırmalarında Balkan dillerin çoğunu kullanabilmektedir. 2001-2003 yılları arasında Alman Araştırma Kurulu (DFG) tarafından finanse edilen ve Münih Üniversitesinde yürütülen “Südosteuropaeische Ortsnamenkonkordanz” başlıklı projede Bulgaristan’da yerleşim yerleri üzerine çalışmış ve Osmanlı, Rus, Avusturya-Macaristan ile İngiliz imparatorluklarının karşılaştırıldığı “Empires” projesi gibi çok sayıda projede görev yapmıştır. Balkanlar ve Doğu Avrupa ile ilgili yurt içinde ve yurt dışında bir çok toplantı düzenlemiş veya toplantıların düzenlenmesine katkıda bulunmuştur.

Prof. Dr. Gencer ÖZCAN 1984-1985 yıllarında Zagreb’de Zavod za Tehnicku Suradnju’da araştırmacı olarak çalışmış, Zagreb Üniversitesi Siyasal Bilgiler ve Felsefe Fakültelerinde çalışmalar yapmış, Sırpça/Hırvatça öğrenmiştir. Boğaziçi Üniversitesinde Soğuk Savaş Döneminde Türkiye-Sovyetler Birliği ilişkileri konulu bir doktora tezi yazmış olan Prof. Dr. Özcan’ın Türkiye’nin Balkan Politikası ve Yugoslavya üzerine çok sayıda yayınlanmış çalışması bulunmaktadır. Prof. Dr. Özcan da 1996’da AGİT görevlisi olarak Bosna Hersek’de yapılan seçimlerin düzenlenmesi çalışmalarına katılmış, bölgedeki siyasal gelişmeleri yakından incelemek olanağı bulmuştur. Son zamanlarda Ortadoğu üzerine yoğunlaşmış olmakla birlikte bu iki bölge hakkında karşılaştırmalı çalışmalar yapabilecek nadir bilim insanlarımızdandır. Kendisi 2009 yilinda Yıldız Teknik Üniversitesi'nden emekli olmuş, Bilgi Üniversitesine geçmiştir.

Doç. Dr. M. Ozan ERÖZDEN bölge dili olarak Sırpça-Hırvatça-Boşnakça kullanmaktadır ve Yugoslavya ile ilgili çok sayıda yayın yapmıştır. Yugoslavya’da iç savaşın bitmesinden sonra AGİT tarafından yürütülen çeşitli misyonlarda görev alan Doç. Dr. Erözden bu ülkenin siyasal sorunlarıyla ilgili doğrudan gözlem yapmak olanağı bulmuştur. Haziran 2001– Aralık 2003: Central European University / Budapeşte bünyesindeki Center for Policy Studies tarafından koordine edilen ve UNDP tarafından finanse edilen Blue Bird başlıklı projede “The Future of the Nation States in South Eastern Europe” araştırma grubu üyesi olarak çalışmış; 2006’dan beri ise Hellenic Foundation for European and Foreign Policy / Atina tarafından koordine edilen ve Avrupa Birliği Komisyonu tarafından 6. Çerçeve Program bünyesinde finanse edilen “JURISTRAS: The Strasbourg Court, democracy and The Human Rights of Individuals and Communities: Patterns of Litigation, State Implementation and Domestic Reform” başlıklı projede Türkiye ayağı yürütücüsü olarak çalışmaktadır. 2006-2007 yıllarında Humboldt Vakfı burslusu olarak Köln Üniversitesi Uluslararası Ceza Hukuku ve Ceza Usul Hukuku Enstitüsünde Eski Yugoslavya Savaş Suçluları Mahkemesi hakkında araştırmalar yapmıştır. Özellikle 1990 sonrası Balkanlarda hukuksal alanda transformasyon ve demokratikleşme alanında çalışan Türkiye’deki en önemli uzman konumundadır.

Doç. Dr. M. Birgül ÇOLAKOĞLU, (Mimarlık Fakültesi), özellikle Balkanlarda Osmanlı mimarisi ve Balkan şehirleri üzerine önemli çalışmalar yapmıştır. Bosna-Hersek'i çok yakından tanıyan Çolakoğlu çok iyi düzeyde Boşnakça bilmektedir. 1996 yılından beri Sarajevo Universitesi Mimarlık Fakültesi ile ortak işbirliğine dayalı ikili ve çok uluslu projeler yürütmektedir.  Bu işbirliğinden kaynaklanan güven sonucu iki üniversitenin bilimsel ve akademik alanlarda işbirliğini genişletmesi amacı ile 2004 yılında Sarajevo Üniversitesi ile YTÜ arasında akademik protokol imzalanarak, üniversitelerin diğer fakülteleri arasında işbirliğinin geliştirilmesinin temelleri atılmıştır. Bosna Hersek ve Türkiye arasında akademik alanda ve ülke endüstrilerinin katılımını sağlanacağı araştırma ve geliştirmeye dayalı ortak projeler geliştirilmekte, Ortak Yuksek Lisans Programları açma çalışmaları  sürdürülmektedir. İki ülke arasında bağların kuvvetlenmesi amacıyla ülke gençlerinin katılımıyla gerçekleşecek bilimsel ve sosyal projelerin gerçekleştirilmesi çalışmalar yapmaktadır.

Dr. Evren BALTA PAKER bölge dili olarak Rusça kullanmaktadır. Yüksek Lisansını Columbia Üniversitesi, School of International and Public Affairs’de (New York, ABD) yapmıştır. Yüksek Lisans eğitiminde Rusya ve Orta Asya üzerine uzmanlaşmış ve Columbia Üniversite’sine bağlı Rusya çalışmaları merkezi olan Harriman Enstitüsü sertifikasını almaya hak kazanmıştır. 2003 yılında burslu olarak İleri Rusya Araştırmaları için Kenan Enstitüsünde (Kenan Institure for Advanced Russian Studies, Washington D.C., ABD) konuk araştırmacı olarak bulunmuştur. 2004 yılında Moskova Devlet Üniversitesi (MGU) ve Uluslararası İlişkiler Moskova Devlet Enstitüsünde (MGIMO) araştırmacı olarak bulunmuş ve Türkiye-Rusya ilişkilerine dair çeşitli seminerler ve dersler vermiştir. 2003-2005 yılları arasında Ford Vakfı tarafından desteklenen Devletler ve Güvenlik isimli çok ortaklı projede Rusya ve Kafkasya uzmanı olarak yer almıştır. 2005 yılında City University of New York’ta (New York, ABD) Rusya’nın Kafkas politikası üzerine hazırladığı doktora tezini savunarak doktor ünvanını kazanmıştır. 1990 sonrası Rusya ve Kafkaslar hakkında çok sayıda yayını vardır ve bu alanda çalışmalarını sürdürmektedir.

Doç. Dr. Fuat AKSU, Türkiye-Yunanistan arasındaki ilişkiler, Balkanlar’da güvenlik ve işbirliği girişimleri, sınır-ötesi işbirliği projeleri üzerine çalışmalar yapmıştır. 1998-2000 tarihleri arasında Trakya Üniversitesi Balkan Araştırma ve Uygulama Merkezi’nde çalışmış, Balkan Araştırmaları dergisinin ortak hazırlayıcılığını üstlenmiştir. Ayrıca YTU Siyaset Bilimi ve Uluslararası İlişkiler Bölümü ile Ortadoğu ve Balkan İncelemeleri Vakfı’nın ortaklaşa düzenlemiş olduğu çok sayıda bölge eksenli uluslararası sempozyum/konferansların düzenleyicisi ve bu toplantı tebliğlerinin kitap yayın editörlüğünü yapmıştır. Internet ortamında Türkiye-Yunanistan ilişkileri üzerine hazırlamış olduğu www.turkishgreek.org sitesinin de editörlüğünü yürütmektedir.